FaceRig用モデル作成目的の場合、Live2D 2.1版で始めると良い理由

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・FaceRig、Live2DViewerでの利用なら差が無い
・仕様違いを気にしなくても良い（覚える事が少ない）

Live2D　2.1版
利点
・パラメータID名の違いを気にしなくて良い
・描画順振りが自動なので気にしなくて良い
・テクスチャアトラスが自動なので気にしなくていい
・書き出しが1つで気にしなくて良い
・書式や使い方が出揃っている
・バグ（仕様）がわかっている
・１つのレイヤーに複数パーツが入れられる
・テクスチャアトラス画像を差し替えられる
・古い（2010年以降）、安いパソコンでも動く
・音では広いファイル形式が使える

欠点
・動画が書き出せない　（OBSなどで画面録画すれば良い）
・レイヤーフォルダが使えない


Live2D　3.2版
利点
・グルー機能が使える　（画期的な使い方はまだない、使わなくても出来る）
・スキニングが使える　（画期的な使い方はまだない、使わなくても出来る）
・3版SDKを使った物が少ない　（新しい仕様なので少ない、これからは増える）
・変形などがしやすい
・動画が書き出せる

欠点
・仕様の違いを学び、考慮しないといけない
・描画順振りが手動、自動がない
・2.1版仕様で書き出すと並び順が反転する
・パラメータID名が異なり変化するので気にしないといけない
・ある程度の高性能パソコンが必要（複数開けるのでメモリも必要）
・バグがまだ多い
・1パーツ、1レイヤーでないといけない
・FaceRigで3版用（moc3）はバグがあって使い物にならない
・WAVは、44K16Bしか受け付けない

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2018/06/22
FaceRig用　moc3（3.X版）の状況

・従来通りクリッピングは機能しているが、加算、または乗算との併用で表示が消える
　　例：目でクリッピング使用の場合、乗算を使った半透明ハイライトが使えない
・複数表示でキャラが消せないバグがある
・表示位置の変化は仕様で設定すれば正常に機能する事が判明
・設定の記述は判明しましたがいつ変わるか不明

xsinryux_x

Cubism Editor 3版でのトラブルやバグの解決、後始末、尻拭いに疲れたので
Cubism Editor 3に起因する、質問への回答をしばらくお休みします
Facerig+Live2D Moduleに関しては、引き続き回答しますが
Cubism Editor 3に起因する物の回答はパスします。

初めてFacerig用モデルを作成する人は　Live2D 2.1版をご利用下さい。

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moc形式(2.1版)と、moc3形式(3.2版)の機能の違い　2018年12月の時点

基本的に動作は同じ、互換性がないのでファイル共用が出来ない
moc3形式は新機能グルー（関節繋ぎ）、スキニング（うなぎ髪）が使えるだけ
2018年12月の時点で今の所、完成品での差がうなぎ髪揺れ位しか無い、
負荷が増えた分少し重くなる、初期表示やモーションの仕様に違いがある

moc3形式は、FaceRig録画で記録したモーションがうまく再生されないバグ、
特定のモーションが機能しないなど多数のバグがある
moc3形式の、3.3版対応でバグが出るかもしれない、cfgファイル書式が変わるかもしれない
moc3形式は、あまり積極的にサポートしてない、3.3版対応は放置予定

今まで、FaceRig社、Live2D社ともに細かい個別サポートはしていない
Live2Dコミュニティでの有志サポートも3.3版は無い予定
仕事で顧客に納品した場合、仕様が変わるごとに面倒をみないといけない
バグや書式解読など全て自力で問題解決しないといけない

moc形式は、見捨てられているので仕様、書式が変わらず安定している
作成方法など確定している、新機能が無いので少し軽い、バグが判明している
FaceRigで使える機能は正常に動作している