Projectの＃差し替え済み＃について

PSD画像の再読込について質問です。
PSDを修正したさい全体を差し替えたり一部のみ差し替えたりしたファイルがあるとします

A＝最初のPSD
B＝各部を修正したPSD（全レイヤー）をAに差し替えた
C＝一部を修正したPSD（全レイヤー）をAに差し替えた
D＝一部を修正したPSD（修正した箇所までの階層のレイヤー構造）をBに差し替えた
E＝全部を修正したPSD（全レイヤー）をAに差し替えた
F＝一部を修正したPSD（修正した箇所までの階層のレイヤー構造）をCに差し替えた

Projectの原画ににA～Fまでの　＃差し替え済み＃　となってます※変更日時は上から順番とします。
この状態だと

Cの時点でBの修正部分が反映されておらず
Dの時点でCが反映されておらず
Eの時点でBCが反映されておらず
Fの時点でBEが反映されません

と

なってるようなのです、アトラスの画像が古いままだったり一部最新に置き換わっていたりと非常に混乱します、なにか良い対策はありますか？

※なぜこのようになったかというと同じファイルを差し替えると同じ名前が並びよくわからなかったためです。
日付だけではそれが何なのか分かりません、アトラスを表示してもらえると助かります。